Christian Mendoza werd geboren in Peru, maar woonde het grootste deel van zijn leven in België.
Na een periode als autodidact studeerde hij aan de Conservatoria van Gent en Brussel, waar hij leraren had als Erik Vermeulen, Diederik Wissels, Nathalie Loriers, Kris Defoort, John Ruocco, Jeroen Van Herzeele en Stefan Lievestro.
Hij volgde ook workshops bij Bill Carrothers, Larry Grenadier en Jeff Ballard, Andy Milne, Ralph Alessi, Drew Gress, Bob Mintzer, David Haney, Julian Priester, Stéphane Galland, Christophe Walleme, Bert Joris, Jan Michiels en Moussa Dembélé.
In de zomer van 2007 volgde hij een intensieve workshop aan de School for Improvisational Music in Brooklyn, NY, een ontmoetingsplaats waar inspirerende musici als Tim Berne, Marc Ducret, Steve Coleman, Vijay Iyer, Mark Helias, Jim Black en Tom Rainey hun muzikale concepten deelden. Een andere inspirerende ervaring was de deelname aan de "International Workshop for Jazz and Creative Music" in het Banff Centre, Canada, met Dave Douglas als artistiek directeur. Docenten daar waren o.a. Adam Benjamin, Joshua Redman, Matt Penman, Clarence Penn, Tony Malaby, Angelica Sanchez, Ben Street, Hank Roberts en Don Byron.
Christian's belangrijkste project op dit moment is "Christian Mendoza Group", een kwintet met Ben Sluijs (altsax, fluit), Joachim Badenhorst (tenorsax, klarinetten), Brice Soniano (bas) en Teun Verbruggen (drums). Dit project gaf zijn premièreconcert op het festival OdeGand 2008 (opening van het Festival van Vlaanderen).
In augustus 2009 wonnen ze de "Prix du Jury" op de internationale wedstrijd "Tremplin Jazz d'Avignon" (Frankrijk) in 2009. In maart 2011 presenteerden ze hun eerste opname, Arbr'-en-Ciel (WERF 098), en deden ze een jazzlabseries-tour in België. Ze speelden ook op het Gent Jazz Festival 2010, Athens Eurojazz Festival 2011, Tremplin Jazz d'Avignon 2010, Belgian Jazz Meeting 2011.
Daarnaast is hij zeer actief als sideman of co-leider in verschillende andere groepen, zoals Gowk (groep van Teun Verbruggen), Bender Banjax (winnaar van de Young Jazz Talent Contest op het GentJazz festival in 2008), Antoine Prawerman's Vegetal Beauty, een kamerjazz-trio genaamd Sluijs-Mendoza-Vercampt, of het Christian Mendoza trio.
Met deze projecten kreeg hij de kans om te spelen op festivals zoals het GentJazz Festival, Dinant Jazz Nights, OdeGand Festival van Vlaanderen, JazzBrugge festival, Jazz in't Park Gent, Mexico EuroJazz Festival, Maastricht Jazz Festival. Hij trad ook op in verschillende clubs en zalen in België, Nederland, Frankrijk, Duitsland en Mexico. Als freelance muzikant speelde hij met enkele van de beste muzikanten uit de jazz- en improvisatiescene in België, zoals Ben Sluijs, Joachim Badenhorst, Jeroen Van Herzeele, Erik Bogaerts, Steven Delannoye, Bart Maris, Laurent Blondiau, Bert Joris, Frederik Leroux, Clément Nourry, Nic Thys, Yannick Peeters, Claus Kaarsgaard, Manolo Cabras, Lode Vercampt, Lionel Beuvens, Teun Verbruggen, Dré Pallemaerts, Tony Vitacolonna, Moussa Dembélé, enz. a.
Sinds oktober 2009 doceert hij ook jazzpiano aan KASK & Conservatorium.