Jan Devlieger studeerde aan het Conservatorium van zijn geboortestad Gent en behaalde eerste prijzen harmonie, contrapunt en fuga (Willy Carron) en eerste prijs kamermuziek (Marcel Ketels). Hij behaalde zijn masterdiploma blokfluit (Patrick Peire) en klavecimbel (Carine Verhenneman). Als klavecinist, organist, blokfluitist en zanger trad Jan Devlieger op met vele ensembles, zoals Ex Tempore, Ardalus, Het Kamerorkest, Het Symfonieorkest van Vlaanderen en Aquarius Soloists. Hij is ook stichtend lid van het barokensemble Les Goûts-Authentiques en het renaissanceensemble O Felici.

Hij maakte opnames voor labels als Etcetera: A due cembali obligati (met Guy Penson, klavecimbel) en The Submission (muziek van de Gentse familie Loeillet), Aliud: De Heerlijke Metgezel (met Marcel Ketels, blokfluit), Phaedra: Rond Jacob van Eyck (artistieke leiding: Karen Ketels) en Vijf eeuwen Vlaamse klavecimbelmuziek (Jan Devlieger, klavecimbel). Hij doceert blokfluit, klavecimbel en muziektheorie aan het Conservatorium van Brugge en de Muziekacademie van Deinze. Jan Devlieger componeert in de oude stijlen, met publicaties bij Musica Repartita (Utrecht). Hij schrijft ook programmatoelichtingen en geeft inleidingen bij concerten in deSingel (Antwerpen).